本科物流工程专业的学生在考研时，可以根据自己的兴趣和职业规划选择合适的专业方向。物流工程是一个涉及面广、应用性强的学科，它不仅包括传统的仓储、运输管理，还涵盖了供应链管理、物流信息系统等多个领域。

具体来说，本科物流工程专业的学生可以选择以下一些专业进行深造：

1. 供应链管理

供应链管理是物流工程的一个重要分支，它关注的是如何通过优化供应链中的各个环节来提高效率和降低成本。这个方向的学生将学习如何设计和优化供应链网络，如何进行库存管理和需求预测等。

2. 物流信息系统

随着信息技术的发展，物流信息系统变得越来越重要。这个方向的学生将学习如何利用先进的信息技术手段来支持物流活动，比如使用大数据分析来进行决策支持，使用物联网技术来实现智能仓储等。

3. 运输管理

运输管理主要关注的是如何有效地组织和管理运输过程。这个方向的学生将学习各种运输方式的特点和适用范围，以及如何制定合理的运输计划和路线优化等问题。

4. 仓储与库存管理

仓储与库存管理是物流工程的核心内容之一。这个方向的学生将学习如何有效地规划和管理仓库资源，如何进行库存控制以减少成本并提高服务水平等。

总的来说，本科物流工程专业的学生在考研时有多种选择。根据个人的兴趣和职业规划选择合适的专业方向是非常重要的。