三方协议备案后能否违约，需根据具体情况分析。在签订和履行三方协议的过程中，各方应当遵守合同法及相关法律法规，确保协议的合法性和有效性。备案后的三方协议具有法律效力，如果一方违反协议内容，另一方有权依据相关法律规定追究违约方的责任。

首先，需要明确的是，备案并不改变协议本身的法律效力。备案主要是为了方便管理和监督合同的执行情况，确保合同内容符合相关法律法规的要求。因此，即使经过了备案程序，如果一方未按照约定履行义务或违反了合同条款，则另一方仍有权要求其承担相应的违约责任。

其次，在实践中，违约行为通常包括但不限于以下几种情况：

1. 未按约定时间履行义务；

2. 提供虚假信息或资料；

3. 未履行保密义务；

4. 侵犯他人合法权益等。

当发生违约行为时，守约方可以根据合同中的违约条款或相关法律规定采取相应的补救措施。例如要求对方继续履行合同、赔偿损失、支付违约金等。

值得注意的是，在处理违约问题时，各方应当首先尝试通过友好协商解决争议。只有在协商不成的情况下，才可考虑通过仲裁或诉讼途径解决纠纷。

综上所述，在三方协议备案后仍然有可能发生违约行为。因此，在签订合同时双方应充分考虑各种可能的风险，并在合同中明确约定相应的权利和义务以及违约责任。同时，在合作过程中也要加强沟通与监督，以减少因误解或疏忽导致的违约情况发生。